В июне-июле 1941 года в Комарине были созданы отряды народного ополчения. Бойцы этих формирований несли охрану имущества на основных объектах, дежурили на перекрестках важнейших дорог, возле мостов, помогали в эвакуации населения, уборке урожая и т.д. В период с 28 августа 1941 года по 23 сентября 1943 года Комарин был оккупирован немецко-фашистскими войсками. Вместе с другими южными районами Полесской области Комаринский район входил в генеральный округ «Житомир» рейхскомиссариата «Украина». В Комарине власть возглавил зондерфюрер, при нем в качестве вспомогательного органа были созданы районная управа во главе с бургомистром, военная комендатура и фашистский карательный орган. Фашисты расстреливали партийных активистов, их родных, близких, истребляли еврейское население. Так, в Комарине, в урочище Печи и во дворе колхоза «Серп и молот» было расстреляно 140 евреев разного возраста, преимущественно женщин и детей. В окрестностях Комарина действовали партизаны партизанской бригады Лоевской «За Родину», отдельных отрядов имени К.Е.Ворошилова, Г.И.Котовского и Черниговского соединения. Помимо этого, активную работу осуществляли Брагинское партийно-патриотическое подполье и Комаринский подпольный РК КП(б)Б. В ходе Черниговско-Припятской операции в сентябре 1943 года войска 15-го стрелкового корпуса (командир генерал-лейтенант И. И. Людников) 13-й армии Центрального фронта в ходе наступательных операций, освободив Чернигов, вышли к Днепру. В ночь на 22 сентября воины 15-го стрелкового корпуса на подручных средствах и рыбацких лодках форсировали Днепр. Комарин был освобожден 23 сентября 1943 года. Это был первый районный центр Беларуси, освобожденный в период Великой Отечественной Войны.
